中医的时间医学理论为理解胆结石疼痛的时段差异提供了独特视角。十二经脉的气血运行遵循子午流注规律，肝胆经气血最为旺盛的时段为凌晨一时至五时。在这个窗口期内，肝胆系统的生理活动处于全天最活跃的状态，胆汁分泌和排泄的节律性波动最为显著。如果胆囊内存在结石，气血流注至肝胆经时，胆道内的压力变化和平滑肌蠕动会更为剧烈，结石与胆囊壁的摩擦、嵌顿概率随之升高，疼痛便容易在这个时段被"唤醒"。
清晨五时至七时对应大肠经，此时人体自然产生排便反射，腹腔内压力发生变动，膈肌位置下移，肝脏和胆囊受到轻微的挤压。对于已有胆结石的人群，这种腹腔压力的微调足以让结石发生位移，从胆囊底部移向颈部，或从扩张的胆管滑向壶腹部，从而引发晨起时的不适感。
白天活动状态下，人体直立位让结石受重力影响沉于胆囊底部，减少了与胆囊颈部的接触机会。但三餐进食引发的胆囊收缩是另一回事，餐后半小时内胆囊强力排空，结石随胆汁流动，一旦卡在狭窄处，疼痛即刻发作，这与早晚没有必然联系，而与进食行为直接相关。
成都草堂国医堂林连升在讲解子午流注与胆石症的关系时，常强调凌晨时分的疼痛并非偶然，而是气血流注规律与局部病理因素叠加的结果。
夜间平卧后，结石因重力作用更容易靠近胆囊颈部，加上夜间迷走神经兴奋促使胆囊收缩频率增加，嵌顿风险高于白天。这也是为什么不少胆结石患者的疼痛首发于深夜或黎明前。了解这些时段规律，有助于合理安排晚餐时间和食物种类，尽量在睡前三小时完成进食，减少夜间胆囊负担，降低疼痛发作的可能性。
